Саме перед обранням Гордієнка кошовим з’явився наказ Петра І спорудити в Кам’яному Затоні, поблизу Січі, фортецю, в якій мав перебувати російський гарнізон. Дізнавшись про це, кошовий пише листа російському імператорові, в якому в ультимативній формі вимагає відмовитися від такого будівництва. 

Злякавшись, що Петро І може кинути проти України війська для придушення бунту непокірливих запорожців, гетьман пише імператорові листа, в якому відмежовується від політики кошового отамана.

Мазепа домігся, щоб козаки відібрали у Гордієнка булаву та передали її поміркованішому, прихильнішому до гетьмана представникові старшини – Герасимові Крисі.

Проте помірковані перемогли з незначною перевагою. Криса отримав булаву лише на кілька місяців. А наприкінці того ж таки 1703 року вона знову повернулася до Гордієнка. Проте він не втягнувся у дріб’язкове протистояння з гетьманом, не розпочав міжусобиці, як на це, можливо, важили в Петербурзі. Навпаки, ще категоричніше тримався свого. 

Можна не сумніватися, що якби гетьманом України в описуваний час був не Мазепа, а Кость Гордієнко, він спромігся б згуртувати навколо себе гетьманських і запорозьких козаків, переважну більшість українського населення, й Україна мала б шанс здобути собі непідлеглість ще тоді, під Полтавою. Мазепа ж, як знаємо, про таке згуртування не подбав, і виступив проти росіян лише з невеличким загоном прихильників.

Ще дужче утвердився кошовий в антиросійських настроях, коли стало відомо, що Петро І у переговорах з ханом по-зрадницькому віддав українські козацькі землі в пониззі Інгулу, Висуні та Інгульця кримським татарам. 

У листопаді 1708 року Гордієнко отримав від Мазепи листа. Гетьман пропонував рятувати Україну від російської неволі, приєднавшись разом із ним до військ шведського короля Карла XII.

Гордієнка така пропозиція, ясна річ, дуже й дуже вразила. І все ж кошовому не забракло мудрості. Мабуть послуговувався він при цьому елементарною логікою будь-якого вождя: погоджуючись на союз із учорашнім недругом, слід керуватися не приязню чи неприязню до його особи, а ідеєю, яку ти обстоюєш і якої не зможеш утілити в життя без пропонованого союзу. Ось чому – не з любові до Мазепи та шведів, – а з ненависті до політики Російської імперії, і рушив запорозький кошовий Гордієнко на єднання з військами Мазепи та Карла ХІІ. Його метою було розбити росіян, витіснити їх з українських територій і повернути Україні землі, що їх росіяни підступом віддали кримським татарам, а отже – й Туреччині.

У березні Гордієнко зібрав коло містечка Перевалочної всі розпорошені загони, послані перед тим на Кодак та в інші місця, і провів раду. Рада одностайно ухвалила: йти на з’єднання зі шведами і разом з ними виступити проти царських військ.

Проте, на відміну від Мазепи, кошовий Гордієнко не чекав, поки підійдуть шведи. Він навально вдарив на Царичанку. І хоч сил під своєю командою мав небагато, зате складались вони з досвідчених вояків-запорожців, – тож дощенту розбив тритисячний загін російських драгунів. Понад сто з них захопив у полон. Командувач царських військ фельдмаршал Меншиков негайно почав зміцнювати гарнізони в містах по Орелі. Але Гордієнко розгромив росіян також під Келебердою і, скориставшись зі страху та розгубленості, що запанували серед російських генералів, почав вибивати їхні війська з міст і сіл не тільки по Орелі, а й по Ворсклі. Тобто, йдучи на з’єднання з Карлом XII, кошовий Гордієнко вже, по суті, очистив значну територію Лівобережної України від царських військ. Скрізь, де він з’являвся, до нього приєднувалися загони місцевих повстанців, які вже самі громили окремі російські підрозділи та обози. Єдина проблема, що постала перед цим військом, – воно було негаразд озброєне, не мало, зокрема, достатньої кількості гармат і рушниць.

Зустріч Гордієнка з Мазепою відбулась у ставці гетьмана в Диканьці. Кошовий прибув туди вже зі славою багатьох перемог, прибув як полководець. І згідно з чином повівся. Поцілував, за традицією, гетьманський бунчук, підкреслюючи цим свою прихильність до гетьмана, але просто у вічі відверто заявив: буде з гетьманом лише в тому разі, якщо він пристає до спілки з Карлом XII не з «персональної користі», а задля «визволення од московської влади». Потім обидва рушили до Великих Будищ – на зустріч із королем Швеції. Карл XII прийняв їх з усіма можливими почестями. Але зауважив: тільки найрішучіший виступ на оборону своїх давніх прав допоможе здобути волю, тобто незалежність.

Поки Гордієнко гостював у Карла XII, російські полки під командою генерала Рене почали наступ на територію, підконтрольну запорожцям. Військ у росіян було багато, тож спочатку їм вдалося витіснити нечисленні гарнізони з кількох містечок. При цьому жорстокість царського війська у ставленні до українського мирного населення не знала меж. У містечках Нехворощі, Маяки та інших, що опинялися в їхніх руках, вони вирізували мешканців усіх до єдиного! Козаки заприсяглися помститись ворогам. Під Сокілки Рене привів 7 тис. царських солдатів. Тут козаки й вирішили дати їм бій. Здобувши підтримку шведського генерала Крузе, що привів із собою тритисячний загін, вони оточили росіян і в лютому бою розгромили. Тільки драгунам пощастило пробитися з оточення, але понад півтори тисячі їх навіки зосталося під цим українським містечком.

Поки Гордієнко воював з росіянами на Орелі, до Січі підійшли війська царського генерала Яковлєва. Нечисленна козацька залога не змогла вистояти проти сили-силенної російських військ та козаків Галагана. Козаки билися хоробро, але Січ усе ж потрапила до рук ворога. 

Кінець полтавської трагедії відомий. Гордієнко відійшов разом зі шведами та Мазепою аж до Бендер. Там, за кордоном, від козаків, що проривалися з України, він дізнавався про жахливі репресії, що їх чинили росіяни проти українського населення та козаків; про те, що тисячі козаків та цивільних осіб силоміць погнали на будівництво каналів кудись у район Петербурга та Ладоги. Та багатьом козакам щастило втікати від цих репресій, і незабаром близько 8 тис. їх зібралося в гирлі річки Кам’янки, тобто в турецькій частині України.

Зрештою Гордієнкові не лишалося нічого іншого, як і собі податись до Кам’янки і навесні 1711 року він знову стає кошовим отаманом. Відтак з’явилася збройна сила, з якою можна було виступати проти росіян. Тим паче, що й нагода трапилася: гетьман Орлик перейшов з військами Дністер і взяв напрямок на Білу Церкву. Як і під час російсько-шведської війни, Гордієнко не уникав самостійних бойових дій. Ідучи на з’єднання з військами Орлика, він громив окремі російські підрозділи, нападав на обози, а головне – піднімав населення Правобережжя на боротьбу проти царизму.

Отаман Гордієнко показав свій талант полководця в боях неподалік Лисянки, під Каневом та Богуславом. При облозі Білої Церкви союзні татарські загони несподівано рушили до Криму, грабуючи всі населені пункти, які тільки траплялися їм на шляху. Гордієнко мусив знімати облогу та відходити до Дністра, бо на допомогу гарнізонові Білої Церкви поспішали набагато чисельніші російські війська.

У ході бойових дій царське військо дійшло аж до Пруту, але там його оточили турки, а самому цареві загрожував полон. Відкупився Петро І від нього тільки великими грошима і договором, за яким відмовлявся від Азова та ще кількох міст північного Причорномор’я.

Гетьман Орлик сподівався, що султан зажадає від росіян звільнити від своєї присутності й Лівобережну Україну. Щоб активізувати таку позицію, до Стамбула вирушила делегація, до складу якої увійшов і кошовий Гордієнко. Але ця дипломатична місія не мала успіху. Повернувшись в Україну, Гордієнко з вірними йому козаками опанував пониззя Південного Бугу і навіть почав призначати своїх полковників на Правобережжі Дніпра. Його загони підступали аж до Корсуня та Чигирина. Проте, опинившись між трьома імперіями – турецькою, російською і польською – він уже не мав сили відродити незалежність хоча б якоїсь частини України та повернути до життя запорозьку козацьку республіку.

Був період, коли Кость Гордієнко з політичної арени зник. Чим він займавсь у цей час – невідомо. Але 23 травня 1728 року на Січі, що розташувалася тепер в урочищі Олешки поблизу Дніпра, відбулася Рада, на якій козаки знову, вже вкотре, обрали його кошовим отаманом.

4 травня 1733 року Кость Гордієнко, «останній лицар Запорожжя», помер. Поховали його з великим жалем і військовими почестями на козацькому кладовищі поблизу Січі.

Його слава, талант і відданість козацькій справі ще довго надихали нові покоління запорозьких козаків.